Mustafa Fâzıl Paşa, Mısır Vâlisi İbrâhim Paşa'nın oğlu ve Kavalalı Mehmed Ali Paşa'nın torunudur. 1845'te İstanbul'a gitmiş ve Sadâret Mektûbî Kalemi'nde göreve başlamıştır. 1851'de tekrar İstanbul'a gelerek Meclis-i Vâlâ-yı Ahkâm-ı Adliyye üyeliğine tayin edildi. 1857'de Mısır'a gidip Said Paşa yönetiminde Maliye nâzırı olarak çalıştı. 1858'de vezir rütbesiyle Meclis-i Âlî-i Tanzîmat üyesi oldu. 1861'de Meclis-i Âlî-i Tanzîmat ile Meclis-i Vâlâ'nın birleştirilmesiyle tekrar Meclis-i Vâlâ üyeliğine getirildi. 1867'de Yeni Osmanlılar Cemiyeti adını alacak olan hükümet muhaliflerinin önde gelen isimlerinden Ziyâ Bey (Paşa), Ali Suâvi ve Nâmık Kemal ile temaslarını arttmış, Jöntürklere maddi ve manevi desteklerini sunmuştur.