Günümüzde Türkiye sınırları içinde yer alan Mardin şehrinde, kalabalık Korpiskopos İbrahim ve Meryem Shaker ailesinin ikinci oğlu olarak doğdu. Antakya Yakubi Patriği IV. Petro'nun tavsiyesi üzerine Mardin'deki Sebaste 40 Şehitler ilahiyat okuluna girdi. Gençliğinde bir cilt hastalığına yakalandı; ailesi, iyileşirse oğullarını Tanrı'ya adamaya yemin etti. İyileşti ve 1887'de Mardin yakınlarındaki Safran Manastırı'nda (Deyr ez-Zafaran, Aziz Ananias Manastırı) rahip adayı oldu. Aynı yıl diyakoz olarak atandı ve 1889'da Elijah adıyla keşişliğe terfi etti. 

1892'de Yakubi Patriği IV. İgnatius Petrus, Elijah'ı rahip olarak atadı ve onu El-Bashiriya Piskoposluğu'ndaki Aziz Kiriakos Manastırı'nın başrahibi, bir yıl sonra da Deyr ez-Zafaran Manastırı'nın başrahibi olarak atadı. Elijah, 1895 ve sonrasındaki Diyarbakır katliamları sırasında Aziz Kiriakos Manastırı'nda yaklaşık 7.000 Ermeni'ye ve Deyr ez-Zafaran Manastırı'nda 100 yetime yardım sağladı. 1908 yılında Ignatius, Patrik Ignatius Abdid Aloho II tarafından Ivannis adıyla piskopos olarak kutsandı ve Amid (şimdiki Diyarbakır, Türkiye) Metropoliti olarak atandı. 1911 yılında Yakubi Süryanilerin yaşadığı bölgedeki durumu incelemek üzere Tur Abdin'e gönderildi. 

1912 yılında, Patriklik Tahta çıktığı 1917 yılına kadar elinde tuttuğu Musul Makamı'na transfer edildi. 1919 yılında Patrik Ignatius Ilia III, son Osmanlı Padişahı VI. Mehmed Vahideddin'in kendisine Osmaniye Nişanı verdiği İstanbul'u ziyaret etti.

Osmanlı İmparatorluğu'nun çöküşü ve Mustafa Kemal Atatürk'ün Türkiye Cumhuriyeti Cumhurbaşkanı seçilmesinin ardından Patrik, kendisine bir tebrik telgrafı gönderdi. Bu dönemde Ilia, hayatta kalan Süryani-Yakup topluluklarını ziyaret etmek için Ortadoğu ve Türkiye'deki şehirlere iki pastoral yolculuk (1919 ve 1925) yaptı. Bu seyahatler sırasında Ankara'da Atatürk ile görüştü, Halep'teki (Suriye) yeni Aziz Efrayim Kilisesi'ni, Zahle'deki (Lübnan) Aziz George Kilisesi'ni kutsadı ve Beytüllahim'deki Aziz Efrayim Kilisesi'nin temelini attı. 

Patrik İgnatius (III. Ilia), 1924'te Beytüllahim'e pastoral bir ziyaret gerçekleştirdi. Türk Kurtuluş Savaşı olayları nedeniyle Kutsal Şehir'de bulunduğu süre boyunca El-Hikme (Bilgelik) dergisinin yayınlanmasını organize etti ve Asurca ve Arapça gazeteler çıkardı.