Cevat Şakir'in asıl ismi Musa Cevat Şakir'dir. Afyonlu Kabaağaçlızade’lerdendir. Soyadı yasasısı çıkınca Kabaağaçlı soyadını aldı. Bodrum'un antik çağdaki adı olan Halikarnas'ı imza olarak seçti ve bu adla tanındı. Kabaağaçlıgil soyadını ve Hüseyin Kenan, Musa Cevat, M.C., H.B., Sina imzalarını da kullandı. Babası Sadrazam Müşir Ahmet Cevat Paşa'nın kardeşi Mehmet Şakir Paşa'dır. Çocukluğu 1895’e kadar babasının elçi olarak bulunduğu Atina'da ve Büyükada'da geçti. Özel öğretmenlerden aldığı derslerle İngilizce öğrendi. İstanbul Robert Kolej ile İngiltere Oxford Üniversitesi Yeni Çağlar Tarihi Bölümü'nü bitirdi. İngiltere’den Türkiye'ye dönüşünde gazete ve dergilerde yazarlık ve çevirmenlik yaptı. 1913'te evlendiği eşinin İtalyan olması nedeniyle bir yıl kadar İtalya'da kaldı. Bu arada İtalyanca ve Latince öğrendi. 1914'te babası Şakir Paşa, Cevat Şakir'in tabancasından çıkan bir kurşunla Afyon'da öldü. Cevat Şakir 14 yıl hapis cezasına çarptırıldı. Cezasının yedi yılını çektikten sonra, verem olması nedeniyle, salıverildi. Bir süre kendisini tekke hayatına verdi. Yazı ve basın hayatına atılarak, Diken, İnci, Resimli Hafta, Güleryüz, Resimli Ay, Resimli Gazete gibi yayınlarda yazılar yazdı, çeviriler yaptı, karikatürler ve resimler çizdi. Zekeriya Sertel’in çıkardığı Resimli Hafta dergisinde Hüseyin Kenan takma adıyla yazdığı "Hapishanede İdama Mahkûm Olanlar Bile Bile Asılmağa Nasıl Giderler" adlı yazısı yüzünden Sertel’le birlikte Ankara İstiklâl Mahkemesi'nde yargılandı. Sertel Sinop’ta, Cevat Şakir Bodrum'da olmak üzere üçer yıl sürgün cezasına çarptırıldılar. Cevat Şakir, cezasını çektikten sonra, çok sevdiği Bodrum'a yerleşti ve 1947'ye kadar orada yaşadı. Bodrum Belediyesinin resmi bahçıvanı olarak çalıştı. Özel olarak elde ettiği çiçek ve ağaç tohumlarının Bodrum'da yetişip büyümesini sağladı. 1947'de İzmir'e yerleşti, gazetecilik ve turist rehberliği yaptı. Rehberlik kurslarında öğretmen olarak görev aldı. Cevat Şakir ikinci evliliğini dayısının kızı Hamdiye, üçüncü evliliğini Hatice Hanımla yaptı, bu evliliklerden dört çocuğu oldu. Kemik kanserinden öldü. Vasiyeti üzerine Bodrum Gümbet'te Türbe Tepesi'nde toprağa verildi.